我遇到的是A系列的三菱PLC，Y164接的是红灯显示，现在有电压输出，而Y164未输出；怀疑这个点坏了，想换一个点，但在程序中找不到怎么回事，(设备报警Y164正常有输出)

在程序中可能是通过一些输出指令导通了这个点所以你没有找到；但肯定有将其导通的指令。所以最好上传程序来找这段指令。
如果非要修改，最简单的办法就是用LD Y164         OUT Yn ，硬件上把线换到新改的点去，Y164就不去管它了。

而，你讲的“有电压输出，而Y164未输出”并不能作为该点坏了的判断条件，你可以测量别的正常的点是否也有这个现象。或者在Y164上重新接个执行元件来判断这个点的好坏。